…と言っておきながらで申し訳ありませんが、おそらく現実的な回避策は無いでしょう。

唯一考えられるのは、Google Play 開発者サービスのバックグラウンドデータ通信をオフにすること。
Instant Appsをダウンロードしている分なのか、コイツの通信量が若干多めになっています。
しかし、この策はあまりおすすめできません。理由としては、他のアプリからの呼び出しで、バックグラウンドサービスとして通信していることも多く、これを制限してしまうと影響の範囲が著しく大きくなってしまうことです。

馬鹿げた極論を言うとすれば、「○GBまで高速通信」のような通信SIMを使わないこと。
そもそもWi-Fi運用であったり、WiMAXあたりで通信している方であれば十数MB程度は許容できるはずです。(それでもInstant Appsの知名度が低く、ナンダコリャって思う人も居るでしょうけども。)

Instant Apps自体はGoogleアプリの設定から手動でオンにしないと利用できませんが、この強制自動インストールは設定にかかわらず実行されるようです。もはやそんなものか、と諦めて使うしか無さそうです(非常に不愉快で不本意ですが)。