この現象について、Github上のMacTypeリポジトリのIssuesに対応を求める投稿をした方もいました。
詳しくはこちら。https://github.com/snowie2000/mactype/issues/221 

MacType作者は、以下のように回答しています。

Conflicts on Windows 10 build 15002, 15007

snowie2000 commented 4 days ago
I'm sorry about it, but Windows 10, especially Windows 10 Insider version has very low priority in development. It is unlikely to be investigated and fixed recently. 

簡単に訳すと、

申し訳ありませんが、Windows 10、特にWindows 10 Insiderのバージョンに関しては、開発の優先順位が非常に低いです。最近、調査したり修正したりすることはまずありません。

だそうです。
ということで、併用したければ問題を洗い出して出来る限り回避しつつ使わなければなりません。

回避するには、MacTypeをMacTrayロードの独立モードを使用し、MacType側のプロセスマネージャで問題が起きるプロセスのフックを停止するしかありません。 

MacTypeウィザードを開き、MacTrayロードにチェックし、管理者として起動にチェック、独立モードにチェックを入れて起動します。
その後、MacTypeのプロセスマネージャを開き、以下のプロセスにマウスオーバーし、除外設定してください。
・Windows サービスのホスト プロセス全て(svchost.exe)
・COM Surrogate(dllhost.exe)
・Application Frame Host(ApplicationFrameHost.exe)
・Shell Infrastructure Host(sihost.exe)

大抵の問題は解消しますが、Explorer.exeを除外しても良いのであればそのほうが問題は起きにくくなります。例えば、ゴミ箱を空にしようとした時にExplorer.exeがクラッシュしたりしますので、問題が発生したら一度停止する方向で。