キャプチャ
TweetDeckのカラムの設定内の「Clear」を押すと中身のコンテンツが一気に消え、そこから新規受信したものだけが表示されます。
うっかり設定を保存するつもりで押した人、居るんじゃないでしょうか。 
キャプチャ
一旦、カラムをRemoveした後、左側の「+」を押して再追加すれば良いだけです。
再追加した時点で一度再読み込みされ、「Clear」の効果が切れます。
間違って消した場合でもこれで復活できますので、落ち着いて対処しましょう。